北京市怀柔区卫生局主要负责区卫生系统党的组织、宣传、纪检、监察、统战工作；负责本系统领导班子管理和建设工作；负责本系统精神文明、社会治安综合治理（防火、防盗、普法、民调、交通安全）、信访、计划生育工作；负责本系统工会、共青团、妇联工作；协助各科做好群众来访、信访的接待工作；负责全局政务工作，负责组织拟定卫生事业改革与发展规划和年度计划；负责公文处理工作；负责本系统信息工作；负责督查工作；负责人大代表和政协委员议案、建议、提案的办理工作；负责卫生系统的信息化建设工作；协助主管领导做好机关管理工作等。

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